Сначала Екатерина на нападки Новикова отвечала как писательница; из-под её пера вышли комедии «Обманщик», «Обольщенный», «Сибирский Шаман», но потом их отношения перешли в политическую плоскость. На Новикова стали поступать услужливые доносы и обвинения в «гнусных обманах», масонской деятельности и сношениях с врагами Екатерины.
Доказательств вины Николая Новикова найдено не было, и следствие продвигалось крайне медленно. И тогда рассерженная императрица в сердцах произнесла генерал-губернатору Архарову одну фразу, которую мне очень захотелось процитировать вам, дорогие мои листатели журнала.
Екатерина Вторая сказала так: «Я всегда успевала управляться с турками, шведами и поляками, но, к удивлению, не могу сладить с отставным армейским поручиком!»
В завершении заметки сообщу, что Екатерина скромничала. И даже лукавила. Еще до окончания следствия особым указом Новиков был переведен в Шлиссельбургскую крепость, где должен был провести целых 15 лет. Это был приговор, поразивший современников своей суровостью. Из 15 лет Новиков провёл в заточении четыре года. Он был выпущен из крепости после смерти Екатерины.